O Jornal da UFRJ obteve o 2º lugar no V Destaque Andifes de Jornalismo das Ifes 2009, que reconhece os melhores periódicos produzidos pelas Instituições Federais de Ensino Superior.
Em todas as cinco edições do prêmio, o Jornal da UFRJ foi escolhido como uma das três melhores publicações universitárias do Brasil, em quesitos como relevância dos temas abordados, preocupação com a comunidade acadêmica e projeto gráfico.
Em 2005, ano seguinte ao seu lançamento, o Jornal da UFRJ obteve o 3º lugar. Em 2006 e 2007, foi consagrado com o 1º lugar e, em 2008, ficou na terceira posição. Nesta última edição do Prêmio (2009), foi distinguido com o 2º lugar. O vencedor foi o Jornal Beira do Rio (UFPA) e o 3º lugar coube ao Jornal da Universidade (UFRGS).
A cerimônia de entrega do prêmio é no dia 14 de abril durante a reunião do Conselho Pleno da Andifes.