Em virtude do rápido crescimento do Departamento de Bioquímica Médica (DBM), iniciou-se em 1998, o processo de transformação de Departamento em Instituto. Naquela época o DBM, que já abrigava um número considerável de docentes, conduzia além da pesquisa básica em Bioquímica, uma série de outras atividades relacionadas ao ensino, divulgação de ciência e extensão através de prestação de serviços. Desse modo, a direção do corpo deliberativo do DBM considerou que a formação de um Instituto traria mais autonomia administrativa bem como promoveria a elevação a um patamar que facilitaria as negociações diversas relativas à introdução e o desenvolvimento de seus vários projetos.
Após o início dos trâmites pertinentes, o DBM admitiu através de concursos públicos 16 novos docentes, elevando o seu quadro para um total de 51 professores, todos ativamente engajados em pesquisa. Esse porte do DBM, aliado a qualidade da pesquisa científica e a sua tradição inovadora na ciência e educação foram essenciais para obter a aprovação de seu pleito em todas as instâncias em que foi julgado. Em maio de 2004, o Conselho Universitário aprovou a formação do Instituto de Bioquímica Médica como um órgão suplementar. Ele permanece associado ao Instituto de Ciências Biomédicas no referente às atividades de ensino na graduação.
A posse do primeiro diretor, o professor Franklin Rumjanek do vice, a professora Débora Foguel, será realizada no dia 21 de dezembro, às 15h, no Auditório Hélio Fraga, prédio do CCS.